Do Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Toruniu sprawy przyjmowane są głównie w formie odwołań od decyzji, zażaleń na postanowienia, ponagleń na niezałatwienie sprawy w terminie (bezczynność) lub na przewlekłe prowadzenie postępowania (przewlekłość). Zgodnie zaś z przepisami Kodeksu postępowania administracyjnego oraz Ordynacji podatkowej, odwołania i zażalenia do Kolegium wnosi się za pośrednictwem organu, który wydał decyzję lub postanowienie. Wyjątkiem od tej reguły jest sytuacja, kiedy to Kolegium wydało orzeczenie jako organ I instancji - wtedy wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy wnosi się bezpośrednio do toruńskiego Kolegium. Odwołania wnosi się w terminie 14 dni od daty doręczenia rozstrzygnięcia stronie. Zażalenia wnosi się w terminie 7 dniu od daty doręczenia rozstrzygnięcia. Przepisy szczególne mogą dopuszczać inny termin do wniesienia zaskarżenia.
Terminy załatwiania spraw określają przepisy prawa powszechnie obowiązującego. Załatwienie sprawy wymagającej postępowania wyjaśniającego powinno nastąpić nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, zaś w postępowaniu odwoławczym - w ciągu miesiąca od dnia otrzymania odwołania.
Do terminów określonych w powyżej nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa dla dokonania określonych czynności, okresów doręczania z wykorzystaniem publicznej usługi hybrydowej, o której mowa w art. 2 pkt 7 ustawy z dnia 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych (t. j. Dz. U. z 2024 r., poz. 1045), okresów zawieszenia postępowania, okresu trwania mediacji oraz okresów opóźnień spowodowanych z winy strony albo przyczyn niezależnych od organu.
Orzeczenia kolegium zapadają po przeprowadzeniu rozprawy lub na posiedzeniu niejawnym. Orzeczenia kolegium, co do zasady, wydawane są w formie decyzji albo postanowień. Kolegium wydaje orzeczenia po odbyciu. niejawnej narady składu orzekającego, obejmującej dyskusję oraz głosowanie nad orzeczeniem i zasadniczymi motywami rozstrzygnięcia. Sprawę przedstawia członek kolegium wyznaczony jako jej sprawozdawca. Orzeczenia zapadają większością głosów. Członek składu orzekającego nie może wstrzymać się od głosu. Członek składu orzekającego, który został przegłosowany, ma prawo zgłosić przy podpisywaniu orzeczenia zdanie odrębne, uzasadniając je na piśmie w terminie 7 dni od dnia odbycia narady. Orzeczenia kolegium podpisują wszyscy członkowie składu nie wyłączając przegłosowanego.
Kolegium orzeka w składzie trzyosobowym, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej. Składowi orzekającemu przewodniczy prezes lub etatowy członek kolegium. Zasady wyznaczania składów orzekających określa regulamin kolegium. Członkowie kolegium nie posiadający wykształcenia prawniczego lub administracyjnego są wyznaczani do składów orzekających z uwzględnieniem ich kwalifikacji zawodowych.
Przy orzekaniu członkowie składów orzekających kolegium są związani wyłącznie przepisami powszechnie obowiązującego prawa. Kontrolę orzecznictwa kolegiów sprawuje sąd administracyjny na zasadach i w trybie określonych przepisami ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2024 r., poz. 935).